超算系统使用指南
使用超算集群一般需要掌握Linux对于目录和文件的管理命令，vi/vim编辑器的使用，module模块的相关命令和slurm的任务处理命令。
一、Linux基本命令
目录管理
列出子目录：
ls DIR_NAME进入目录：
cd DIR_NAME进入根目录：
cd进入上级目录：
cd ..返回目录：
cd -显示所在目录：
pwd创建目录：
mkdir DIR_NAME删除空目录：
rmdir DIR_NAME删除非空目录：
rm -r DIR_NAME复制目录：
cp -r DIR_NAME_FROM DIR_NAME_TO移动目录：
mv DIR_NAME_FROM DIR_NAME_TO
文件管理
正序打印文件：
cat FILE_NAME逆序打印文件：
tac FILE_NAME打印文件同时打印行号：
nl FILE_NAME逐页打印文件：
more FILE_NAME，使用space或enter翻页，q键退出单独查看文件：
less FILE_NAME，指针向下翻页，q键退出打印文件头/尾几行：
head/tail FILE_NAME删除文件：
rm FILE_NAME同目录复制文件：
cp FILE_NAME FILE_NAME不同目录复制文件：
cp FILE_NAME DIR_NAME移动文件：
mv FILE_NAME DIR_NAME
其他命令
终端清屏：
clear将dos文件转换为unix格式：
dos2unix SHELL_NAME.sh
二、vi/vim编辑器
编辑文件：vi FILE_NAME
命令模式
进入输入模式：
i删除光标处字符：
x进入底线命令模式：
:保存后离开：
ZZ
输入模式
- 进入命令模式：
ESC键
底线命令模式
进入命令模式：
ESC键保存文件：
:w保存文件：
:w!退出程序：
:q强制关闭：
:q!保存并关闭：
:wq强制保存并关闭：
:wq!
三、module相关命令
调用module命令：
source /public1/soft/modules/module.sh查看MODULE_NAME的所有可用版本，缺省则列出所有可用的module：
module avail/av MODULE_NAME加载特定版本软件：
module load/add MODUL_NAME卸载特定版本软件：
module unload/rm MODULE_NAME查看已加载的软件：
module list/li卸载全部已加载的软件：
module purge查看module配置文件、环境变量：
module show MODULE_NAME
四、slurm相关命令
显示系统资源使用情况：
sinfo显示节点NODE_ID的使用情况：
sinfo -n NODE_ID查看账号提交的作业：
squeue查看JOB_ID号作业的信息：
squeue -j JOB_ID后台提交作业：
sbatch FILE_NAME交互式提交作业：
srun分配模式提交作业：
salloc -p PARTITION取消JOB_ID号作业：
scancel JOB_ID查看JOB_ID号（正在运行）作业信息：
scontrol show job JOB_ID查看JOB_ID号（历史）作业信息，缺省为全部历史作业：
sacct -j JOB_ID
五、作业提交模板
文件头
#!/bin/bash
#SBATCH -J test 指定作业名称
#SBATCH -p PARTITION 指定队列名称
#SBATCH -t 20 限制作业运行时间（分钟）
#SBATCH -o out.log 指定标准输出文件名
#SBATCH -e err.log 指定错误输出文件名
#SBATCH -N 1 指定要提交的节点数量
#SBATCH -n 1 指定要提交的进程数
#SBATCH -c 10 指定每个进程的CPU核数（未指定为1）
#SBATCH --mem=40G 作业所需的每个节点的实内存量
提交R作业
source /public1/soft/modules/module.sh
module load R
Rscript program.R
提交Python作业
source /public1/soft/modules/module.sh
module load anaconda
python program.py
调用第三方R包/Python模块
下载R/python模块的压缩包
安装R包/python模块
# R（在R文件中） install.packages("xxx.tgz", repo=NULL, type="source", lib="/your/path/") # Python（在命令行） pip install xxx.zip --target=/your/path添加R包/python模块路径（临时）
# R（在R文件中） .libPaths("/public1/home/sch5187/Documents/test1") # Python（在命令行） export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/public1/home/sch5187/Documents/test1
同时提交多个作业
在普通的作业提交脚本中，将R/Python文件名改为
$1#!/bin/bash #SBATCH -J MLE_cs #SBATCH -p v3_64 #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 1 #SBATCH -c 4 #SBATCH --mem=60G source /public1/soft/modules/module.sh module load mpi/intel/17.0.7 gcc/8.3.0 export PATH=/public1/home/sc32042/software/R-install/bin:$PATH srun Rscript $1在命令行使用
sbatch xxxx.sh xxxx.R提交多次若次数很多，可以重新将sbatch命令写入sh脚本进行一键提交
